В структуру филиала входят следующие обособленные структурные подразделения:
Ивановский областной отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов, адрес: 155450, Ивановская область, г. Юрьевец, ул. Ленина, д. 143;
Нижегородский областной отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов, адрес: 606520, Нижегородская область, Городецкий район, г. Заволжье, Привокзальная, 12;
Ярославский межобластной отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов, адрес: 150047, г. Ярославль, ул. Жукова, д. 27;
Брейтовский межрайонный отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов, адрес: 152760, Ярославская область, Брейтовское МО, с. Черкасово;
Рыбинский межрайонный отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов, адрес: 152901, Ярославская область, г. Рыбинск, пер. Преображенский, д. 3а;
Чернозаводской рыбоводный завод, адрес: 152260, Ярославская область, Некрасовский район, пос. Черная Заводь, ул. Демино, д. 60;
Ростовский межрайонный отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов, адрес: 152151, Ярославская область, г. Ростов, ул. Подозерка, д. 8а
